Una delle missioni prevalenti della Fondazione Studio Marangoni è l'organizzazione di mostre in Italia e all'estero. Oltre alle mostre organizzate nella sua sede di Firenze, la Fondazione ha organizzato il Festival Biennale di Fotografia (Firenze e Prato, 2000 e 2002), con mostre dislocate in vari luoghi espositivi, la Biennale di Fotografia Italiana a New York Focus on Italy (1999 e 2001) e Paesaggi Italiani, alla Sala delle Reali Poste della Galleria degli Uffizi, Firenze, 1998. Negli ultimi anni la FSM è stata invitata a curare mostre per I principali festival di fotografia quali il FotoFest di Houston e gli Incontri Internazionali della Fotografia di Arles; la FSM ha anche organizzato una mostra itinerante negli Stati Uniti sul lavoro di Luigi Ghirri.
Oltre ad aver ospitato oltre 50 mostre nelle sue sale, la Fondazione Studio Marangoni ha organizzato conferenze e incontri in collaborazione con la Galleria dell'Accademia di Firenze, l'Instituto Cervantes, il Goethe Institut, il British Council, l'Istituto Culturale Francese e la Comunità Francese del Belgio.